Zymo Research, transkriptomik ölçekli deneyleri kolaylaştırmak için yeni nesil sekanslama kullanarak kapsamlı RNA-Seq hizmetleri sunmaktadır. Farkli deney dizaynlarına göre bir çok farkllı servis seçeneği bulunmaktadır ve tüm servisler herhangi bir türden alınan referans genomuyla uyumludur. 

mRNA-Seq

Bu hizmet, poliadenilasyona tabi protein kodlayıcı genlerin farklı gen ekspresyonunu araştırmak üzere tasarlanmış çalışmalar için (poliA tails içerir) en uygunudur. Örneklerinizi aldıktan sonra , poly A güçlendirme yapılarak mRNA molekülleri seçilir, sonra Illumina HiSeq platformu kullanılarak gerçekleştirilen next generation sekanslama ile kütüphaneler oluşturulur. Small RNA lar (miRNA ler) ve polyadenilasyona uğramamış transkriptler bu servis ile incelenmezler. Biz farklı gen ekpresyonlarını incelemek için en ekonomik yol olan 50 bp tek bitiş ( SE) sekanslamasını  mRNA-Seq için öneriyoruz. Fakat,  SE okumaları alternative splicing olayları için çok bilgi vermez bundan dolayı bu tip analizler için eşlenmiş bitiş (paired end PE) sekanslama gerekebilir. İstediğiniz okumanın derinliğine ulaşmanız için okumaların sayısı ve sekanslama parametreleri uyarlanabilir. 

Total RNA-Seq

Total RNA-Seq servisi hem kodlanan hem de kodlanmayan RNA ları araştırarak ek transcritome bilgilerine ulaşmanızı sağlar. Eğer input RNA nızın kalitesi düşükse (RIN<7) , Total RNA-Seq servisi farklı gen ekspresyonlarının araştırılmasında kullanılabilir. Bu hizmetle önce ribozomal RNA'yı seçerek kaldırdıktan sonra Illumina HiSeq platformunda sekanslama için kütüphaneler üretiyoruz. MRNA-Seq servisinde olduğu gibi, genel olarak Total RNA-Seq için 50 bp'lik tek uçlu (SE) sıralama öneririz, ancak ek varyantlarını araştırıyorsanız PE dizilemesi yapılabilir. İstenen okuma derinliğini elde etmek için okuma sayısı gerektiği gibi ayarlanabilir. 

Small RNA-Seq

Mevcut kütüphane hazırlık iş akışları hem large hem de small RNA'ları aynı anda kapsayarak yapılamaz; bu nedenle miRNA'lar gibi small RNA'ları araştırmak istiyorsanız, small RNA-Seq servisimizi öneriyoruz. Bu hizmet toplam RNA'yı girdi olarak kullanıyor ve small RNA'ları içeren yeni nesil sekanslama kütüphaneleri üretiyor. Üretilen kütüphaneler daha sonra Illumina MiSeq veya HiSeq platformlarında sıralanır.

  

Biyoinformatik

Tüm RNA-Seq hizmetlerimizle eksiksiz biyoinformatik ve istatistiksel analizler sağlayabiliriz. MRNA-Seq ve Total RNA-Seq hizmetleri için, biyoinformatik çalışma şemamız şunları içerir:

• Farklı olarak ifade edilen genlerin listeleri (katlanma değişimi gösterilir)

• Hiyerarşik kümeleme ile heatmap (örnekler arasında gen ifadesinde değişiklikleri görüntülemek için renkler kullanmak)

• Dağılım çizgileri (örnekler arasındaki gen ifadesinde genel korelasyonlar gösteren)

• Bütünleştirici Genomik Görüntüleyici (IGV) Görselleştirme (bir genom tarayıcı pistinde kapsanan genlerin görüntülenmesine izin verir)

• FPKM Dağılımlarını gösteren yoğunluk grafikleri

• Temel Bileşen Analizi (PCA) plotu

• Kat değişikliği ve önemi gösteren volcano plot

Small RNA-Seq servisi için, biyoinformatik çalışma şeması şunları içerir:

·         Profillenmiş miRNA'ların ek açıklamalı listesi (her miRNA için okuma sayısı dahil)

·         İki örnek veya iki örnek grubu arasındaki miRNA seviyelerini karşılaştıran dağılım plotu

·         Hiyerarşik kümeleme ile heatmap

Listede olmayan bir şey isterseniz,  başka türde analizler de yapabiliriz, bizimle iletişime geçip istediğiniz şeyi sorabilirsiniz.

Örnek Gereksinimleri

Tüm RNA- Seq projeleri için, RNA ların bozulmadan analiz edilmesi ve yüksek kalitede olması çok önemlidir. Bizim RNA inputları için genel kurallarımız aşağıdaki gibidir:

·         Örnek başına ~3-4 mikrogram total RNA

·         260/280 ve 260/230 OD  ≥1.7

·         RIN ≥8 (insan örnekleri için)